« Хаос царит по всюду , нет больше ни какой надежды, свет более не мил....»

Прошло несколько лет, военным не удалось сдержать T-вирус в пределах города Паллет. Вирус распространился по всему миру. Ядерный удар по "Паллет - сити" ничего не дал. Зомби быстро заполонили всю землю и земля стала превращаться в пустыню. Вирус перебрался на другие континенты и захватил весь мир. Причём воздействию вируса подверглись не только люди, но покемоны и растения, поэтому весь мир превратился в безжизненную пустыню.

Кирлия объезжает города в поисках топлива и находит пустуюшую бензозаправку. Но, как оказалось, и эта была пустой. Надежда пропадает с каждым промахом. Слышен некий шум, на Кирлию нападает покезомб , который , видимо пожирал труп своего хозяина. Мутировавший зомби- Хитмончан, попытался убить Кирлию, но всё заканчивается лёгкой победой Кирлии. В небольшой комнатке, она находит свиток, точнее карту с каким-то маршрутом. На карте оказался чертёж спасения, - Аляска. Кирлия сначало не понимает смысл чертежа и вновь седлает свой мотоциклет и и уезжает.

«Команда Р» продолжила своё существование, несмотря на почти полное вымирание человечества. Джиованни и его учёные укрываются в подземных комплексах, где продолжают работать над вирусом и антивирусом и проводят другие исследования. Одно из таких исследований — продолжение проекта «Кирлия» — попытка создать клон Кирлии, обладающий такими же способностями, как «оригинал». Клоны подвергаются испытаниям, но так как не дотягивают до «оригинала», погибают. Тела клонов поднимаются на поверхность и сбрасываются в траншею. Образовывается огромное кладбище.

В это время, Кирлия путешествует в поисках топлива и продовольствия на мотоцикле по небольшим городам, так как оставаться на одном месте слишком опасно — найдут зомби и покезомби. Сверхспособности Кирлии растут, но всё же ей приходится скрываться от обнаружения орбитальными спутниками «Команда Р» .

Тем временем. В таком же как Кирлия постоянном движении находится и группа других выживших. В эту группу входят Бьютифлай , Кабутопс и Кроконав . Однако на них нападает мутировавшая стая Маркроу. Битва оказалось ужасной. Стая Маркроу не могли остановить стекла машин, поэтому Бьютифлай пришлось покинуть джипп и выйти наружу.

« Бьютифлай, быстро прячься в автобус, эти Маркроу то же заражены », - кричал Кроконав и отстреливал десятки заражённых воронов.

« Гадкие твари, мясо захотели, ну так берите !» , - произнесла Бьютифлай, перед тем, как её атаковала десятки Маркроу и сожрало до неузноваемости.

Кроконав не верил своим глазам. Он попытался вылезти из машины, чтобы спасти , то что осталось от любимой, но Кабутопс не позволил.

Битва была не равной. Маркроу-зомби уничтожили практически весь отряд выживших. А Кабутопс и Кроконав уже были на краю гибели, но вдруг небо озарилось огненным светом. Неожиданно появившийся огненный шар начал поглощать всех поке-зомбов, превращая в угольки.

« Это Кирлия, я помню эту психическую силу »,- сказал Кабутопс.

Кирлия использовала свои способности на полную силу . Выжившии кинулись к ней.

Этот всплеск пси- атаки фиксируется спутником «Команда Р»— Кирлия обнаруживает себя.

Кирлия показывает остальным некие записи, которые она нашла во время своих путешествий — судя по этим записям, вирус не добрался до Аляски. Все решают, что лучше рискнуть и попробовать пробраться на север. Для того, чтобы преодолеть немалый путь до Аляски, нужно горючее, которого осталось совсем немного. Маленькие городки уже опустошены, а значит, придётся ехать в большой город — Виолет, где их уже ждёт засада.

« Нам надо добраться до Виолет – сити, только там можно добыть горючее »,- сказала Кирлия.

« Это последний выход и надежда, если я не смогу, тогда хоть заберу с собой десяток другой зомби»,- тихо произнёс Кроконав. Мысль о смерти любимой угнетало его всё сильнее.

« Я предлагаю вот эту схему »,- сказал Кабутопс.

Команда Кирлии начинает наступлеие на город. Команда из трёх покемонов, оказалось против сотни или тысячи поке-зомбов и зомбов. Битва предвешало неладное. Кроконава кусает один из зомби, однако он скрывает это. Через некоторое время, когда герои прибывают в Виолет и на них нападают «усовершенствованные» учеными «Команда Р» зомби, Кроконав сам становится одним из этих ходячих трупов. Однако умирает, получив пулю в голову от Кабутопс , при этом успев его укусить. Кабутопс не успевает превратится в зомби, так как взрывает себя с бензовозом, расчищая путь Кирлии в североамериканскую базу «Рокет».

Кирлия спускается вниз, чтобы убить мутировавшего доктора Джиованни. Она расправляется с ним, но лишь с помощью своего клона.

Компьютерная система Лайвдекс сообщает Кирлии новость: её кровь — лекарство от Т-вируса. Это дало шанс и надежду, что добравшись до Аляски, Кирлия создаст анти-вирус и очистит Землю от нечисти.

« Даже в слепой и непроглядной тьме, есть маленький лучик света »